峨眉山生物多样性保护与利用研究所成立于2008年，是与四川省自然资源研究院合作共建的校级重点实验室，旨在围绕峨眉山区域独特地理和生态条件，丰富的动植物资源，开展区域特色动植物资源保护、开发与利用，区域土壤与生态可持续发展等研究。主要研究野生动植物资源的保护与利用，包括野生珍稀（濒危）动植物资源调查、保护和繁育，野生动植物资源的分类和系统进化，野生动植物资源驯化和产业化开发等；区域特色经济植（作）物资源（基因）发掘与利用，包括特色果树、中药材、特种稻等植（作）物优异资源的发掘，采用现代生物技术，培育优良植（作）物新品种，产业化应用；峨眉山生态与微生物学研究，包括峨眉山土壤微生物和内生菌在促进植物对生物及非生物胁迫抗性改善等的互作机制研究，动植物个体和群体对胁迫环境（高寒、干旱等）适应，高山/亚高山生态系统格局和动态对全球变化的响应等生态学研究。

现有研究人员11人，其中教授2人，副教授6人，博士后1名，博士8人。四川省学术与技术带头人后备人选2人，乐山师范学院学术与技术带头人2人，学术与技术骨干2人，乐山市优秀高层次人才乐山市专家评议（审）委员会委员4人。

研究所有实验室面积约200平方米，拥有紫外可见分光光度计、人工气候箱、PCR仪、荧光成像系统、酶标仪、植物光合作用仪、根系监测系统、土壤养分测定仪等植物生理学和分子生物学实验设备，价值300余万元。2017年以来，研究所成员共主持各级在项目32项，其中国家自然基金项目1项，四川省科技厅等省级项目4项，市厅级23项，科研经费合计200余万元。获市政府奖励1项，出版专著1本（《峨眉山常见药用植物彩色图谱（参编）》），在《Annals of Botany》（2区）、《Mitochondrial DNA Part B: Resources》、《Journal of Biobased Materials and Bioenergy》、《分子植物育种》、《杂交水稻》等国内外期刊发表学术论文35篇，其中SCI/EI收录24篇，北大核心7篇，出版专著2本，获授权发明专利8项。指导学生发表论文18篇，指导学生获授权专利11项。